Vanaf de 13e eeuw maakte het deel uit van de Congregatie van het Benedictijner Klooster van de Provincie Toledo, totdat het in 1502 werd opgenomen in de Congregatie van Sint Benedictus van Valladolid, die het behield tot 1835, de datum van de wetten tot confiscatie van een deel van de bezittingen van de geestelijkheid en de opheffing van alle religieuze orden, die Álvarez Mendizábal in Spanje uitvaardigde.

Van 1836 tot 1942 werd het klooster van Cardeña beroofd van zijn monniken en zijn kloosterleven. Gedurende deze lange periode van 106 jaar werd het Castiliaanse klooster voor bijna alles gebruikt, behalve voor datgene waarvoor het oorspronkelijk bestemd was!

In 1862 ondernam de Benedictijner Orde verschillende pogingen om het te herstellen en er een actief kloosterleven te vestigen. Maar beide pogingen, de eerste in 1862 en de tweede in 1880, mislukten omdat men niet over de te bebouwen grond kon beschikken, waardoor het voor de monniken onmogelijk werd te leven.

In 1888 namen de Paters Piaristen er hun intrek, maar zij verlieten het gebouw weer in 1901. Een poging met hetzelfde resultaat werd in 1905 ondernomen door een groep Franse kapucijnerbroeders die uit Toulouse waren verbannen, en die er in 1921 weer van afzagen.

Na verschillende pogingen om het terug te krijgen, kwam er in 1933 een einde aan de leegloop met de stichting van een cisterciënzer gemeenschap in het klooster van San Isidro de Dueñas in Palencia. De definitieve vestiging van deze gemeenschap vond echter pas plaats op 29 april 1942, als gevolg van de jaren van de Burgeroorlog, waardoor het van eind 1936 tot begin 1940 helaas een concentratiekamp voor gevangenen werd.

Het klooster werd op 1 oktober 1945 tot priorij verheven en werd op 30 januari 1946 autonoom, waardoor zijn gemeenschap definitief werd geconsolideerd. Uiteindelijk werd in 1948 aan het klooster de titel van abdij verleend.